يدور التكوين الرئيسي لوحدات تبادل البيانات الإلكترونية (EDI) عادةً حول ثلاثة مجالات: إمكانية التشغيل البيني للاتصالات، ومعالجة البيانات، والتعاون التجاري. وهذا يضمن التبادل المستقر والدقيق لبيانات الأعمال بين أنظمة المؤسسة المختلفة. ومن الناحية العملية، يتم إكمال هذه التكوينات عمومًا ضمن منصة تكامل أو برمجيات وسيطة، ويتم تخصيصها وفقًا لمتطلبات الشركاء المختلفين.
يركز تكوين طبقة الاتصال على إعداد طريقة التشغيل البيني ومعلمات الأمان، مثل استخدام بروتوكولات النقل مثل AS2 أو SFTP أو شبكات VAN. ويتطلب أيضًا تكوين معلومات التعريف (معرف الشريك) والشهادات وطرق التشفير وقواعد التوقيع لكلا الطرفين المتصلين لضمان أمان البيانات وسلامتها أثناء النقل. علاوة على ذلك، تندرج أيضًا إعدادات قائمة انتظار الرسائل وآليات إعادة المحاولة وقواعد المهلة ضمن هذا القسم، وتستخدم لتحسين موثوقية الإرسال.
يتضمن تكوين البيانات والأعمال بشكل أساسي تعريفات أنواع الرسائل وقواعد تعيين الحقول وقواعد تحويل التنسيق. غالبًا ما تختلف هياكل البيانات بين المؤسسات، لذا يلزم تكوينات التعيين لتعيين حقول النظام الداخلي إلى حقول EDI القياسية. يتم أيضًا تكوين قواعد تشغيل الأعمال، مثل إنشاء الطلب أو تعليقات الشحن أو دورات التسوية، مما يتيح دمج تبادل بيانات تبادل البيانات الإلكترونية (EDI) ضمن عمليات أعمال محددة.