تتطلب الصيانة الروتينية لأغشية MBR إدارة مستمرة، عادةً على أساس كل ساعة أو يوميًا. على سبيل المثال، تحتاج أنظمة التهوية إلى العمل 24 ساعة يوميًا لمنع تراكم الحمأة على سطح الغشاء. يتم إجراء الغسيل العكسي الدوري عبر الإنترنت أثناء التشغيل، عادة كل بضع دقائق إلى عشرات الدقائق، للحفاظ على تدفق الغشاء المستقر. هذه المرحلة هي صيانة مستمرة ولا تنطوي على التوقف.
الصيانة الدورية عادة ما تكون على أساس أسبوعي إلى شهري. يتم إجراء الغسيل العكسي المكثف أو التنظيف الترميمي كل 1-4 أسابيع تقريبًا لإزالة الملوثات العضوية المتراكمة تدريجيًا وانسداد الجسيمات. إذا كان النظام يعمل بجودة مياه رديئة أو بحمل مرتفع، فسيتم زيادة تكرار الصيانة لمنع الارتفاع المستمر في فرق الضغط عبر الغشاء (TMP).
يتم إجراء الصيانة العميقة والتنظيف الكيميائي بشكل عام كل 3-6 أشهر. يستخدم التنظيف الكيميائي (CIP) عوامل مثل هيبوكلوريت الصوديوم وحمض الستريك لإزالة الملوثات التي لا رجعة فيها. بالنسبة للأنظمة ذات ظروف التشغيل الأفضل، يمكن تمديد الدورة إلى 6-12 شهرًا أو حتى لفترة أطول. يمكن لدورات الصيانة المعقولة إطالة عمر المفاعل الحيوي الغشائي بشكل كبير والحفاظ على أداء مستقر للنفايات السائلة.